La UNSAM ha contado con dos Rectores desde su fundación, ambos provenientes del campo de la Filosofía: primero Daniel Malcolm, que hasta el año 97 fue Rector Normalizador, y luego Carlos Ruta, anterior Decano de la Escuela de Humanidades. Ahora, el tercer Rector elegido para conducir la UNSAM es el Cdor. Carlos Greco, actual Decano de la EH y formado en temas de Educación Superior.